2022年度
| 順位 | 駅名 | 運営会社 | 乗降客数 |
| 1 | 熊本 | 九州旅客鉄道 鹿児島線・豊肥線・九州新幹線 | 28092 |
| 2 | 新水前寺 | 九州旅客鉄道 豊肥線 | 9392 |
| 3 | 水前寺 | 九州旅客鉄道 豊肥線 | 6206 |
| 4 | 熊本駅前 | 熊本市 田崎線 | 6021 |
| 5 | 通町筋 | 熊本市 幹線 | 5327 |
| 6 | 上熊本 | 九州旅客鉄道 鹿児島線 | 5130 |
| 7 | 健軍町 | 熊本市 健軍線 | 5087 |
| 8 | 肥後大津 | 九州旅客鉄道 豊肥線 | 4820 |
| 9 | 光の森 | 九州旅客鉄道 豊肥線 | 4636 |
| 10 | 新水前寺駅前 | 熊本市 水前寺線 | 4338 |
| 11 | 辛島町 | 熊本市 幹線 | 4206 |
| 12 | 玉名 | 九州旅客鉄道 鹿児島線 | 4170 |
| 13 | 武蔵塚 | 九州旅客鉄道 豊肥線 | 4070 |
| 14 | 新八代 | 九州旅客鉄道 鹿児島線・九州新幹線 | 3502 |
| 15 | 宇土 | 九州旅客鉄道 鹿児島線・三角線 | 3450 |
| 16 | 八代 | 九州旅客鉄道 鹿児島線・肥薩線 | 3214 |
| 17 | 東海学園前 | 九州旅客鉄道 豊肥線 | 3194 |
| 18 | 水道町 | 熊本市 幹線 | 3147 |
| 19 | 松橋 | 九州旅客鉄道 鹿児島線 | 3008 |
| 20 | 崇城大学前 | 九州旅客鉄道 鹿児島線 | 2754 |
